يقدم فرع الجمعية بالقاهرة خدماته الصحية منذ العام 1970 من خلال مستشفى فلسطين لآلاف الأسر الفلسطينية من العاملين في المؤسسات الفلسطينية في جمهورية مصر العربية وأسر الشهداء والجرحى والمتقاعدين والعاملين في إدارة الحاكم لقطاع غزة وأسر العاملين في مؤسسات السلطة الوطنية والمقيمين في جمهورية مصر العربية والمرضى المحولين من داخل الوطن .
ويضم المستشفى جميع العيادات التخصصية بالإضافة إلى الأقسام والوحدات التاليــــــة:
وحدة قسطرة القلب، غرف العمليات، وحدة رعاية مركزة، وحدة غسيل الكلى، وحدة مناظير الجهاز الهضمي، وحدة حضانات للأطفال حديثي الولادة والمبسترين ، قسم ورعاية المسنين، قسم العلاج الطبيعي ، قسم الأشعة، قسم التعقيم، قسم الصيدلة، المختبر الطبي ويضم أقسام التحاليل الكيماوية والسيرولوجية وتحاليل الدم والميكروبيولوجي وقسم الإستقبال والطوارىء الذي يستقبل المرضى على مدار 24 ساعة، وعيادة أسنان.
كما يقدم فرع الجمعية الخدمات الإجتماعية من خلال المركز الثقافي ويضم مكتبة ومركز تعليم الكومبيوتر، مسرح يتسع لحوالي 350 شخص ودار التراث الذي يحتوي على قطع فنية من المشغولات الفلسطينية إحياءاً للتراث الفلسطيني وكذلك تشغيل الأسر المنتجة تأكيداً للدور الإجتماعي للجمعية، بالإضافة إلى فرقة الفالوجا للفنون الشعبية الفلسطينية وتضم مجموعة من المتطوعين الذين يمثلون الجمعية في كافة المناسبات الوطنية.